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（1）海洋资源平均值低于世界平均水平。人均管辖海域面积、海陆面积比值、海岸线系数，这三个指标影响着一个国家的海洋资源总量、发展海洋经济和进入海洋的方便程度等方面。它们是衡量海洋资源优势的重要指标。我国人均占有海域面积位居世界第122位，低于世界平均水平；我国海域面积与陆地国土面积的比值为0.31：1，排在第108位；我国虽拥有长18000多千米的大陆岸线和14000多千米岛屿岸线，但海岸线与陆地面积之比的系数仅为0.0018，排在第94位。
（2）重要海洋资源优势不足。据联合国粮农组织及国内外学者研究，世界海洋渔业资源的可捕量，在没有开发大洋中层鱼类资源的情况下，每年约为2～3亿吨，中国在近海和外海的可捕量，每年约350万吨，海洋渔业可捕量仅占世界海洋渔业总可捕量的1.16～1.75%；中国海区的生物生产力也不是世界上最好的，近海鱼类生产力平均为3.18t/km^2·年，而南太平洋沿海为18.2t/km^2·年，西非近海为8.3t/km^2·年；世界海洋中的生物共约20万种，中国海20278种；世界海洋中年产量在10～100万吨之间的品种有60～62种，中国近海历史上年产量超过1万吨的有40种左右，没有年产量超过100万吨的大宗品种。
在世界海洋油气资源丰富的沉积盆地中，中国近海不占优势。世界上海洋油气资源储量主要集中在波斯湾、北海、几内亚湾、马拉开波湖、墨西哥湾、加利福尼亚西海岸等几个地区，这些地区的油气总储量占世界海上探明储量的80%。在未探明的油气区中，主要集中在北极地区，南极、非洲、南美洲和澳大利亚周围海域，中国近海的找油前景不如上述地区。据预测，中国近海的石油可采储量仅占世界储量的3～12%。
（3）开发不足和过度开发并存。与发达国家相比，我国的海洋资源开发利用程度不高，海洋经济发展总体水平较低，既有开发不足和巨大潜力，又有过度利用和资源衰退问题。统计数据表明，近海油气探明储量仅占资源量的1%，累计开采量仅占探明储量的5%。滨海旅游资源利用率不足1/3，且开发深度不够。可养殖滩涂利用率不足60%。宜盐土地和滩涂利用率只有45%。15米水深以内浅海利用率不到2%。海水直接利用规模较小。滨海砂矿累计开采量仅占探明储量的5%。沿海地区一些深水港址未开发，外海渔业资源利用不足，海滨砂矿利用率不高，海水和海洋能的开发程度和利用水平更低。大洋矿产尚未开发。但在我国近海，渔业资源大多处于过度开发状态。主要经济鱼类资源衰退，部分水域一些种类几乎绝迹。
（4）与海洋资源相关的海洋环境问题日益严重。近几年来，我国沿海地区海洋开发活动的深度和广度与日俱增。在开发利用过程中产生了一系列的生态环境问题，海洋自然和生态破坏情况在各海区均有不同程度的发生。目前的海洋污染排放和海洋的纳污能力、自净能力已经超出平衡临界值。1999年，沿海地区工业废水直接入海量为81416万吨，占全国工业废水排放总量的4.13%；每年通过不同途径进入近海海域的各类污染物质约1500万吨。因此，沿岸海域环境质量普遍下降，突发性污损事件频发。养殖水域水质退化，近海渔业资源衰退，部分海洋珍稀物种濒临灭绝；近海劣于二类海水水质标准的面积超过20万平方千米；不合理的围海、砍伐、挖礁、挖砂，致使80%的珊瑚礁遭到破坏，80%的红树林被砍伐，70%的沙质海岸受到侵蚀。同时部分海岸、海滩侵蚀后退，海水渗透倒灌，环境灾害不断，甚至危及人民生活和生产。
（5）海洋权益和海洋资源争端尖锐复杂。海洋权益是国家利益的重要组成部分，海洋权益争端的实质就是海洋资源争夺，是经济利益的争夺。目前我国面临的海洋资源和海洋权益争端尖锐复杂。在黄海区，存在着我国与朝鲜和韩国的渔业利益争端，中国的传统捕鱼权受到威胁；东海是中、日、韩三国渔民共同作业的渔场，渔业矛盾很多，要依靠渔业协定来协调渔业利益关系。除此之外，东海丰富的油气资源也存在着争议，主要有日韩84000多平方千米共同开发区内的油气资源争议、东海中部油气资源争议、钓北坳陷油气资源富集区争议等，如果钓鱼岛归日本，我国将损失海域面积6～7万平方千米，油气资源16～18万吨。南海的渔业利益和油气资源利益争端更加尖锐。南海的断续国界线内海域是我国渔民的传统捕鱼区，其中一部分区域处在周边国家的专属经济区内，从而出现渔业利益冲突。南海南部我国断续国界线以内的油气资源争议区约27万平方千米，涉及资源量约78亿吨（主要在万安、曾母、文莱—沙巴盆地）。周边国家在我国断续国界线附近每年开采的石油达5000多吨。
海洋科技资源不足，自主创新能力仍需增强。一是海洋核心技术以及产业关键共性技术不足。例如，高端船舶与海工装备制造领域企业更多地进行装备组装工作，对于核心技术与关键配件的自主研发与生产能力需要进一步加强。海水淡化的核心技术尚待提高，比如反渗透膜组件、高压泵等核心组件的研发需要进一步突破，万吨级海水淡化工程尚需国外技术支持，海水循环冷却的强制标准和海水冷却化学品环境安全评价体系尚需完善。二是产学研合作机制有待完善。以海洋经济实力较强的山东省为例，全省科技成果中的基础性研究成果约占五分之四，剩余五分之一为应用性研究成果，科研成果与市场需求匹配度尚需提高，亟需建立企业需求与高校研发合作一体化机制。三是海洋经济发展相关基础领域的研究水平需要进一步提高。例如，中国在海洋生物技术和药物领域与国际先进研究水平相比仍有一定的差距，制约了海洋药物与生物制品产业的发展。
海洋经济开发方式粗放，资源开发利用程度尚需提高。一是海洋生态系统退化，生物资源有所衰退。例如，长期高强度的捕捞开发、水体污染和围填海活动使近海鱼虾种群量不断减少、渔业资源严重衰退、渔获低值化问题突显，需要加快转型升级。二是用海矛盾问题持续存在，海洋空间资源趋紧。例如，在一些海洋产业聚集区，特别是大城市岸线附近，各产业竞争性、粗放性地抢占和使用岸线，生产、生活与生态空间缺乏协调，造成港城矛盾凸显、亲水空间缺乏、生态空间受损等一系列问题。再如，油气资源开采区与现行海洋功能区划功能重叠、油气开发与海洋生态红线交织重叠等问题，增加了海洋生态环境保护的潜在风险。三是海洋产业布局趋同，岸线、港口等优势资源的开发利用效率低。例如，沿海港口布局密度大，同质化竞争问题尚存，资源浪费问题仍未完全解决。
涉海金融支持力度有限，蓝色金融建设发展有待完善。一是传统的银行融资业务较难满足涉海企业的融资需求。比如，海洋装备、造船以及养殖类企业通常规模较大，资金需求量较大，资金周转时间较长、风险较大，这使得规避风险、谨慎投资的传统银行难以对此类企业提供大规模融资支持，对企业发展的支持力度有限。二是融资机制与海洋产业的契合程度需要进一步提高。比如，专门针对海洋领域的风险分担以及补偿机制不健全，财政贴息以及风险担保措施需要进一步加强，银行机构对涉海企业的资金支持需要进一步强化。三是海洋保险对海上风险的保障功能不健全。比如，由于业务涉及领域广，涉海保险在定价、估损以及理赔等方面需要较高的技术，导致海洋保险发展相对缓慢。四是政策性引导资金的投入需要进一步加大。比如，由于支持海洋经济发展方面的财政资金较为分散、规模较小等特点，资金使用的聚合力欠佳。
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