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主要是伦理上的，其次还有克隆人容易患基因疾病，如癌症的患病率大大增加。
一、克隆人违背了伦理学的不伤害原则
伤害了被克隆者。被克隆的是另外一个个体，这个个体是与克隆的原体完全独立的另外一个行为主体，这个主体受到了伤害。受到了什么伤害呢？首先从技术可能性的情况来看，我们无法预知，如果对某一种在功能上与其他基因紧密相连的基因进行干预性改变，生物体内的这种自然的相互牵制的系统会发生何种连锁反应。而根据目前掌握的知识，要想将人类基因组的所有基因重新进行准确的排列，并使之正常的发挥作用，是根本不可能做到的。恰恰是这一点构成了人们反对克隆人的一个重要理据。因为谁也无法排除这样一种风险：克隆技术很有可能导致大量的流产与残障婴儿。
二、克隆人违背了伦理学的自主原则
克隆人活动往往发生在下述情况中：比如，某对夫妇在事故中失去了独生子，他们希望他重获“新生”，于是便通过克隆技术再制造一个孩子，其身体中的绝大部分基因组是先前那个孩子的基因组的复制。这样尽管父母在一定程度上满足了某种欲望，但这整个行为方式对于被复制的孩子而言却意味着一种外来的决定，它将该儿童本属于偶然性的那部分自由（所谓自主原则，就体现在这种自由上）剥夺了，而人的一个最重要的本质特性，就体现在他的不可重复的独特性上。德国著名哲学家忧那思说，人的一个特殊的优先权就在于，每个人都有其自身的不可重复的特性。上述的那对夫妇因为太喜欢第一个孩子，就不生第二个孩子，而是克隆第二个孩子，生出的第二个孩子可能与第一个孩子的外形都不太一样，而克隆出来的却与第一个孩子没有太大差别，等于是让他“新生了”。可见第二个孩子完全是为了服从于父母的某种意图，作为父母的一个工具，父母通过他想起他们失去的那个孩子。而被克隆者作为人应享有的独特性便被剥夺了，他的那种不必非要有一个比他大30或60岁的同体同貌者的自由，便被粗暴地践踏了。英国有一个管理人工授精的机构，叫做人工受孕与胚胎学管理局，竟然打算允许患耳聋的父母在试管婴儿的培育中，有权按照自己的意志选择耳聋的胎儿，而淘汰掉健康的胚胎。他们觉得都处于耳聋状态，便有利于交流、培育，而英国皇家聋人研究所的发言人竟然说，这样一种选择是合适的，我们支持这样的选择。假如人们都完全可以按照自己的意志设计和培育后代，那么什么恐怖的事情都可能发生。耳聋的父母选择生下耳聋的胎儿，而这个胎儿很可能希望自己是一个健康人，但这已经做不到了。他作为一个人所天然应有的一种开放的前途的权利被粗暴否定掉了。这当然违背了伦理学的一个最基本的原则。
三、克隆人违背了伦理学的平等原则
在克隆活动中，存在一个设计者与被设计者的关系。在克隆人活动中，未来人类的基因配置是由父母、医生或国家决定的，而个体的人仅仅是前者所决定与创造的结果。我们知道，设计是以设计者为前提的，一个有着设计者与被设计者之别的人类图景，对于平等原则是一种基本的违背。因为人们无法回答凭什么他自己或者任何别的一个人有权作为未来人类特征与品性的设计者。显然这里存在着一种“道德优越感”，似乎我们，或者说一个医生、哲学家、国家的行政长官拥有着一种控制他人的实力。然而这种心态不单是荒谬的，而且在政治上也是非常危险的。
中国已明确反对克隆人，但对于把克隆技术应用于人体医学技术领域，则给予切实的支持。”
生物技术的好处：
1、利用生物技术改良品质，提高作物产量，选育优良品种。包括粮食作物、烟草、经济作物、蔬菜瓜果、花卉、树草的抗病基因、高蛋白含量基因、固氮基因。还有快速繁殖，缩短繁殖期，较快获得较多产物。培育人工种子，可选育所需苗株，低成本，高收益。以及我们所了解的产生新物种。
2、在医药方面应用广泛，特别是贵重药物生产、疫苗生产、新的诊病技术、新的治疗方法有特殊意义。 利用基因工程和细胞工程生产药物。如，生长激素、生长激素释放抑制素、胰岛素、干扰素等。 另一方面，随着克隆技术的不断发展，一旦技术成熟，将给医疗卫生界带来翻天覆地的变革，大大提高人类健康水平。而且，试管婴儿的出现，给人类带来前所未有变化，给有相关需求的家庭带来了福音。此外，对于濒危物种，克隆技术在保护和恢复方面也有很大帮助。
3、发展洁净新能源是未来能源业建设的发展方向，现代生物技术的生产力发挥的更充分。发展新型燃料电池。燃料电池使用气体燃料，其效率高、污染低，是一种很有前途的能源利用方式。充分利用有机垃圾或有机废水为原料生产氢能源。据称，日本研究人员为制取氢气的生活垃圾可循环利用，还研制新型“发酵设备”更有利于提高生活垃圾制氢效力。我国哈尔滨建筑大学研究人员已建立以厌气活性污泥为原料的有机废水经微生物发酵法生产氢的技术。
4、环境保护方面的应用分为两大类，一是污染监测，二是污染治理。现代生物技术建立了一类新的快速准确监测与评价环境的有效方法，主要包括利用新的指示生物、利用核酸探针和生物传感器。另外，还有生物酶技术、金标免疫速测技术、FCR技术、生物发光检测技术、生物芯片技术和生物传感器。其中生物芯片技术和生物传感器应用最为广泛。在环境保护上，基因芯片也有广泛的用途，现代生物技术除了应用于环境监测以外，还应用于环境污染治理。现代生物治理采用纯培养的微生物菌株来降解污染物。
生物技术的坏处：
1、生物技术也可能引起生产方式和人类健康的退变。这种情况可能会随着需要特定处理的转基因作物的出现而产生，特别是抗除草剂的转基因作物出现。农民必须从同一公司购买种子和除草剂，否则除草剂起不了作用。同样的问题也可能在需人造肥料的转基因作物上出现，这些转基因作物会取代传统的依靠有机肥的作物，后者在发展中国家是很普遍的，并且也有利于环境保护。生物技术在食品上的应用对发展中国家的农民也会造成许多困难。生物技术也会对人类的健康制造麻烦。为了预防起见，转基因作物产品必须经免疫测定筛选后才能利用。
2、 生物技术也可能引发环境问题。人们利用生物技术生产出抗旱、耐盐、抗病虫害作物同时，也导致生物多样性遭受严重破坏，甚至导致一些物种灭绝。这一结果是由于生物技术促进农作物向它原本不适应的地域扩张而造成的。生物技术同样加速土壤侵蚀和沙漠化。农业，尤其是耕作农业的扩张会增加除草剂、杀虫剂、人造肥料的使用，农业中不断投入的能源促进全球变暖。
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