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1、可以通过正反交的方法判断基因是在常染色体上还是性染色体上。
正反交又称互交，是指两个杂交亲本相互作为母本和父本的杂交。如以A（♀）×B（♂）为正交，则B（♀）×A（♂）为反交。可见正交与反交是相对而言的，不是绝对的。如果正交与反交的后代雌雄表现是相同的，则控制该性状的这对等位基因位于常染色体上；如果正交与反交的后代雌雄表现不同，则控制该性状的这对等位基因位于X染色体上。
例如：某果蝇的红眼和白眼为一对相对性状，已知红眼基因用A表示对白眼基因用a表示为显性，现有各型红眼、白眼的未交配过的雌雄果蝇若干，请判断控制红眼和白眼的基因是位于常染色体上还是位于X染色体上。
解法如下：①第一组：将多对红眼雌蝇与白眼雄蝇杂交，观察并统计后代的性状表现及比例。②第二组：将多对红眼雄蝇与白眼雌蝇杂交，观察并统计后代的性状表现及比例。③如果两组后代无论雌雄均表现为红眼，则控制该性状的基因位于常染色体上。④如果第一组的后代均为红眼，第二组的后代中，雌蝇均表现为红眼，雄蝇均表现为白眼，则控制该性状的基因位于X染色体上。
2、先判断显隐性：双亲正常子女有病就叫：无中生有是隐性,双亲有病子女出现正常就叫有中生无是显性。
先排除Y染色体遗传：不管显隐性,Y染色体遗传的特征都是传男不传女。
然后用排除法判断基因的位置是在常染色体上还是性染色体上。
3、在显性前提下看男性病人：如果他的女儿是正常的男性的X染色体只能传给女儿。
就排除X染色体的遗传,这就叫“父病女不病”是常显。
如果他的母亲是正常的儿子的X染色体来源于母亲就可排除X染色体的遗传,这就叫“子病母不病”是常显。
4、在隐性的前提下看女性病人：如果她的儿子正常儿子的X染色体来源于母亲就可排除X染色体的遗传,这就叫“母病子不病”是常隐。
如果她的父亲正常女性有两条X染色体一条来自父亲一条来自母亲就可排除X染色体的遗传,这就叫“女病父不病”是常隐。
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