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分两步，
一、形态学鉴定，要从形态学上初步确定菌株可能是哪一类菌，
二、1、选择合适的引物，
2、提基因组
3、PCR扩增
4、连接载体
5、筛选阳性克隆
6、测序
7、NCBI比对同源性
一句话：16S rRNA序列在进化上是保守的，通常用来鉴定细菌等原核生物，并可进行进化分析。 详细的：16s rRNA广泛存在于原核生物的细胞中,其分子长度约为1.5kb左右。 相比其他分子，16S rRNA既保证了较大的信息量（如5S rRNA太短， 包含信息量太少）又便于扩增和测序（23S rRNA较长，测序时比较麻烦）。事实上这三种编码原核生物核糖体RNA的rRNA基因序列在进化上都是保守的，都可以拿来进行进化分析，但基于上述原因一般都用16S rRNA序列。 鉴定细菌到种一般都采用16S rRNA和传统生化指标相结合的方法 附1： 首先如果你的菌株是自然界中分离得到，就只能鉴定到种，不能鉴定到株，因为多多少少和其他株系的细菌有区别，即便你做了一些特征的鉴定，发现和某一株细菌一模一样，你也没有理由说你的细菌就是那一株细菌，因为你不可能把所有的特征都做完，株和株之间的关系就相当于不同的人之间的关系，世界上不可能有完全相同的两个人。除非你知道你的细菌本来就是某一株细菌扩增出来的（而且要保证没有变异，否则就是一个新株），可是这样就没必要鉴定了。 菌种鉴定一般就只要提取基因组DNA，然后PCR扩增16srDNA片段，上GeneBank或者Eztaxon对比即可。 一般序列相似度在97%以上(也有说法是98%，甚至更高）就可以认为是同种细菌（当然也有例外，DNA序列仅仅是一个参考指标）。 附2：16S rRNA鉴定一般步骤： 一、提取其DNA，利用16SrRNA通用引物PCR扩增出其16SrRNA，取出一半进行跑胶测试纯度与大小，一般是1500bp左右，以下称之为目的基因 二、如果第一步得到的目的基因理想，就将目的基因连接到T载体上，T载体有很多种，随便哪种都可以，如果一种连接不上就换另一种，应该注意记得所用T载体的分子量大小，一般3000bp左右 三、连接后将整个连接体导入大肠杆菌细胞感受态细胞（很多实验书上都有具体步骤） 四、培养感受态细胞16或18小时，提取其质粒，然后将质粒拿出一部分跑胶，看提取情况并看一下分子量是否为16SrRNA和T载体的分子量之和，如果是，则成功 五、酶切所提取的质粒，以得到目的基因，跑胶，如果有目的基因大小的明亮条带则说明是16SrRNA，拿去测序就可以了
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