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表达载体主要包括目的基因的启动子、用于选择的遗传标记和目的基因本身等方面。
首先，要选择合适的启动子并改进其活性，用以调控目的基因特异性表达。目前在基因工程中多采用特异性启动子，如组织特异性启动子，环境响应启动子及化学诱导启动子等，同时还要对特异性启动子序列进行加倍增强子序列。去除抑制子序列等改造，以最终实现在转录水平对目的基因进行定时、定位、定量表达的调控。
第二，表达载体必须载有遗传标记。这样才便于人们将具有目的基因的受体细胞识别和选择出来。常用的遗传标记有对某种抗生素的抗性，标记基因产物与特殊底物发生显色反应等。
第三，为使目的基因得到良好的转录、翻译，通常还需要对目的基因进行适当的修饰，以增强其表达效率。目的基因的修饰通常从以下3个方面入手。(1)添加5'和3'端非翻译序列。有实验表明，这能为核糖体提供了新的结合位点，增强翻译的活性。(2)优化起始密码周边序列。研究发现，真核生物起始密码子周边序列为ACCATGG时转录和翻译效率最高。实验表明，细菌的一个几丁质酶基因，原来的起始密码周边序列为UUUAUGG，当被修饰为ACCAuGG后，其在烟草中的表达水平就提高了8倍。(3)改造基因编码区。来自原核生物的目的基因在植物体内，因表达机制的差异造成mRNA稳定性下降，往往表达水平很低。例如来自苏云金芽孢杆菌的野生型杀虫蛋白基因在植物中的表达量非常低。美国Monsanto公司Perlak等人利用密码子的简并性，在不改变毒蛋白氨基酸序列的前提下，对杀虫蛋白基因进行了改造，选用植物偏爱的密码子，增加GC含量，去除原序列中影响mRNA稳定的元件，结果在毒蛋白转基因植株中的表达量增加了30～100倍，获得了明显的抗虫效果。
非等位基因就是位于同源染色体的不同位置上或非同源染色体上的基因。主要包括：互补基因、异位显性基因、累加基因、修饰基因、抑制基因、调节基因、微效多基因等。
互补基因：若干非等位基因只有同时存在时才出现某一性状，其中任何一个发生突变时都会导致同一突变型性状，这些基因称为互补基因。
异位显性基因：影响同一性状的两个非等位基因在一起时，得以表现性状的基因称为异位显性基因或称上位基因。
累加基因：对于同一性状的表型来讲，几个非等位基因中的每一个都只有部分的影响，这样的几个基因称为累加基因或多基因。
修饰基因：本身具有或者没有任何表型效应，可是和另一突变基因同时存在便会影响另一基因的表现程度的基因。
抑制基因：一个基因发生突变后使另一突变基因的表型效应消失而恢复野生型表型，称前一基因为后一基因的抑制基因。
调节基因：一个基因如果对另一个或几个基因具有阻遏作用或激活作用则称该基因为调节基因。
微效多基因：影响同一性状的基因为数较多，以致无法在杂交子代中明显地区分它们的类型，这些基因统称为微效多基因或称多基因。
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