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生物基因工程目前有三大用途，分别为“基因治疗”、“农作物育种”和“基因武器”。
其中，“农作物育种”的成果，是育出了一批转基因作物，它们中可以携带其他生物的基因片段，主要应用的是细菌的基因片段，针对特定生物或环境，表达特定性状，目前实现了目的，是杀虫和耐受农业化学品（如除草剂）。提高产量和抗病抗虫是转基因育种的主要目标。转基因农业产品作为人类食品和动物饲料商业化销售的历史已有15年。
中国是全球中惟一一个把转基因生物能源和动物饲料产品直接当作人类消费的大国。资料显示，中国消费（进口）了全球第一大转基因农作物——抗除草剂转基因大豆全部产量的半数。转基因大豆进口这个问题对我国食品生产安全威胁的严重性，己写进了国家发改委《“十二五”规划战略研究》一书相关章节，足见问题早己有之，并不是今天才被人们认识。
中国是主动把转基因农作物直接大量用于人类消费的唯一国家。2011年中国人食用植物油的80%来自转基因的大豆和油菜籽；饲喂动物的豆粕、棉籽饼全部是转基因产品，甚至相当部分玉米也是非法的转基因产品。除此以外，中国还是全世界唯一计划实行主要粮食品种（水稻玉米）转基因化的国家。
2009年12月4日，一家叫ISAAA国际机构总裁，詹姆士.克莱夫先生在他的报告中，把中国转基因技术的应用模式比喻为“三驾马车”：植物纤维（棉花）、主粮（水稻小麦）和饲料作物（玉米），全部采用转基因技术。这“三驾马车”模式的真正含义是：
不久以后，中国农业将实现全面转基因化，并且会从此永远都转基因化。这可能是一条让中国农业生产走单行线的一条“不归路”！
现代生物基因工程三大用途与中国
生物技术在农业方面的应用被大力推动，的确可以说是“来势汹汹”，卷入其中的利益集团的数量和涉及的受众之广，超过了以往的任何一种应用技术。不幸的是，所谓的农业生物技术——农业基因工程技术，或称转基因农作物育种技术，是一条彻头彻尾错误的技术路线，它蔑视生态平衡这个最高原则，它无视自然界的生殖屏障这个安全底线，它把陈旧过时、已被证明为谬误的生物学理论作为依据。半个世纪前出现的分子生物学、分子遗传学，概括起来是基于一种假说：一个基因唯一地决定一种性状（或一种蛋白质）。在这个基础上，“基因工程”派狂人的设想是：只要找到一个“好的”基因、把它插入一种目标生物，就能创造出一个新的物种、解决一个科学上的难题、满足一种人类需求。
然而，当年曾经的理论前沿，在今日已被证明为谬误。生命科学30年来的进展，已经在实质上彻底颠覆了当年分子生物学的核心部分——遗传基因决定论。但是，以错误的理论体系为基础开发出来的所谓农业“生物技术”，仍然在大规模地推广应用，主要是因为，国外的利益集团自始至终处于主导地位；利益、政治、科学、技术纠缠在一起。由此错误的趋势得不到遏制。
抗性基因工程育种与抗逆基因工程育种
抗性基因工程育种
基因工程的发展为培育抗病虫的作物提供了新的手段，从而开辟了植物抗病虫育种的新时代。抗病毒基因工程育种主要是将病毒外壳蛋白基因移植到农作物中，使农作物能抵抗病毒感染，培育出抗病毒番茄、抗病毒烟草、抗病毒黄瓜等作物新品种。
在抗真菌病害方面，中国农业科学院生物技术研究中心与作物科学研究所合作，将几丁质酶和葡聚糖酶双价基因导入小麦，育成双价抗病转基因小麦，抗赤霉病、纹枯病和根腐病等真菌性病害。抗植物虫害的基因有多种，目前经常使用的主要有3种：
① 从微生物苏云金杆菌分离出的苏云金杆菌杀虫结晶蛋白基因，简称B2基因。
② 从植物中分离出的昆虫蛋白酶抑制剂，其中应用最广泛的是豇豆胰蛋白酶抑制剂基因(~T1)。
③ 植物凝集素基因(1ectingene)。这些转基因作物能减少杀虫剂和农药的用量，降低杀虫剂和农药及其残留物对食物链、水体造成的污染，从而有利于保护生态环境。
抗逆基因工程育种
基因工程在抗旱、抗盐碱育种上的应用为克服干旱提供了新思路。美国斯坦福大学把仙人掌基因导入小麦、大豆等作物，育成抗旱、抗逆的新品种。我国在抗逆基因的分离、克隆和转化等方面的研究也取得了新进展，已克隆了耐盐碱相关基因，通过遗传转化已获得了耐盐烟草、水稻、番茄、草莓等。
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