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基因文库分为：基因组文库和cDNA文库。
1、基因组文库：
是指将某生物的全部基因组DNA切割成一定长度的DNA片段克隆到某种载体上而形成的集合。基因组文库根据DNA来源又分为核基因组文库、叶绿体基因组文库及线粒体基因组文库。
基因组文库构建时遗传信息供体是基因组DNA，因而无发育时期及组织器官特异性，在一个完全的基因组文库中包含着基因组DNA上的所有编码区及非编码区序列的克隆；生物有机体的每一个基因在文库中都有其克隆，该克隆的基因片段里包括着间隔序列。
2、cDNA文库：
cDNA文库是以特定的组织或细胞mRNA为模板，逆转录形成的互补DNA（cDNA）与适当的载体（常用噬菌体或质粒载体）连接后转化受体菌形成重组DNA克隆群，这样包含着细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合称为该组织或细胞的cDNA文库。
cDNA文库特异地反映某种组织或细胞中，在特定发育阶段表达的蛋白质的编码基因，因此cDNA文库具有组织或细胞特异性。
基因文库的保存和利用：
1、保存：
为了有效地保存基因文库，可通过细菌的繁殖而使包含各个特定DNA片段的细菌增多。液体培养不适用于这一目的，因为各个细菌的生存和繁殖能力不同，各个克隆被保存的机会也会因此而不相等。
在固体培养基上每一个细菌单独形成一个菌落，各个细菌并不相互干扰和竞争，因而有利于全部克隆的保存。形成的每一个菌落中大约包含1000万个细菌，这样一个基因文库中的所有的克隆几乎都扩增了1000万倍。
2、利用：
从基因文库中筛选某一克隆的常用办法是分子杂交。首先把属于一个文库的细菌或噬菌体以较低密度接种在培养皿上以取得相当分散的菌落或噬菌斑，然后用硝酸纤维滤膜吸印，使培养皿和滤膜的相对应的位置上具有相同的克隆。
同时另行制备供分子杂交用的探针。为了筛选真核生物的某种基因，常从它的转录产物mRNA经反向转录（见中心法则）合成相应的互补DNA（cDNA），再加入用32P标记的核苷三磷酸，用DNA多聚酶切口移位方法制成有同位素标记的探针。
把探针DNA和硝酸纤维滤膜上的菌落或噬菌体分别进行变性处理，然后进行分子杂交。再将X光底片覆盖在经过处理的滤膜上以进行放射自显影。
在培养皿上找出和X光底片上的黑点相对应的菌落或噬菌斑。这些菌落或噬菌体中便包含着所需要的基因，经过扩增便能得到大量的细菌或噬菌体，从中可以分离出所需基因的DNA片段。
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