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1、相关技术不同：
蛋白质分子的结构规律及其生物功能的关系作为基础，通过化学、物理和分子生物学的手段进行基因修饰或基因合成；基因工程是核酸凝胶电泳技术、核酸分子杂交技术、细菌转化转染技术、DNA序列分析技术、寡核苷酸合成技术、基因定点突变技术、聚合酶链反应技术。
2、物质运用不同：
蛋白质工程可以制造一种新的蛋白质；基因工程只能利用已有的现实中已存在的基因。
3、实施对象不同：
蛋白质工程是对于蛋白质而言的改造和制造；基因工程是在分子水平上对基因进行操作的复杂技术。
扩展资料：
基因工程的应用：
1、美国新泽西州圣巴纳巴斯医学中心生殖医学科学研究所的科学家，利用一项新技术改造了遗传给下一代的基因，制造出30个健康的转基因宝宝。
然而，英国获得了首个将“三亲婴儿”商业化的许可证。英国一家生育诊所获准执行“三母婴儿”技术，该技术可以防止遗传疾病通过三种父母遗传给孩子。
2、美国FDA（美国食品药品监督管理局）批准了第一个活体基因疗法，这是一个具有里程碑意义的事件，将对转基因用在医疗上产生积极的影响。这项疗法是一个治疗儿童白血病的方案，主要内容是通过基因改造，使患者自身的血红细胞转化为癌细胞杀手。
两个月后，FDA又批准了一项针对恶心淋巴瘤细胞疗法。这是从根本上改变过去的治疗方式，调整改变人体自身机能来对抗癌细胞的新创举，为人类利用基因改造技术治疗难治之症开辟了道路。
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