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（1）果蝇的体细胞中有8条染色体，其中染色体2条，常染色体6条．由于XY染色体存在差异，所以对果蝇基因组进行研究时，应对3+XY共5条染色体进行测序．人类血友病基因位于X特有的区段II-2，基因重组发生在X和Y染色体的同源区段，即图中Ⅰ段．
（2）Y染色体只在男性间进行传递，所以通过Y染色体检测是最可靠的检测方法．
（3）①遗传图解：
②推理过程：a．实验方法：首先选用纯种黑腹果蝇作亲本进行杂交，雌、雄两亲本的表现型依次为截刚毛和刚毛．
b．预测结果：若子代雄果蝇表现为刚毛，则此对等位基因位于X、Y染色体上的同源区段．若子代雄果蝇表现为截刚毛，则此对等位基因仅位于X染色体上．
（4）若该对等位基因仅位于X染色体上，则子代雄果蝇性状由母本决定，雌果蝇性状由父本和母本共同决定，所以通过一次杂交，子代雌雄需具有不同的性状，即母本为隐性性状，父本是显性性状．如果雌、雄中均有显性和隐性两种性状，则该基因位于常染色体上；如果雄性个体全为显性，雌性个体表现为显性和隐性两种性状，则该基因位于X、Y染色体的同源区段．
故答案为：（1）5Ⅱ-2Ⅰ
（2）C
（3）①遗传图解：
②推理过程：a．截刚毛、刚毛?b．刚毛?截刚毛
（4）实验方案：雌性个体为隐性、雄性个体为显性（或答：雌性个体为显性，雄性个体为隐性）
结果预测及结论：
①雌、雄中均有显性和隐性两种性状
②雄性个体全为显性，雌性个体表现为显性和隐性两种性状（或雌性个体全为显性，雄性个体中表现为显隐性两种性状）
正常果蝇体细胞内有4对同源染色体，图1是几种性染色体异常的果蝇的性别、育性等情况．（1）对果蝇基因组
黑腹果蝇在1830年首次被描述。而它第一次被用作试验研究对象则要到 1901年，由动物学家和遗传学家威廉·恩斯特·卡斯特 (William Ernest Castle) 通过对果蝇的种系研究，设法了解多代近亲繁殖的结果和取自其中某一代进行杂交所出现的现象。1910年，汤玛斯·亨特·摩尔根 (Thomas Hunt Morgan) 开始在实验室内培育果蝇并对它进行系统的研究。之后，很多遗传学家就开始用果蝇作研究材料，并且取得了很多遗传学方面的知识，包括这种蝇类基因组里的基因在染色体上的分布等。
黑腹果蝇只有四对染色体。它们包括一对性染色体, 通常被记作第一对染色体或者是X-和Y-染色体，和三对常染色体。 后者被记作第二，第三和第四对染色体。第四对染色体很小，所含的基因也很少。果蝇非常合适用于研究，在一个瓶子里就可以培育大量的果蝇，繁殖速度快。马田·布克斯在他2002年出版的书 <<果蝇 (Drosophila)>> 里这样写道: 用半瓶牛奶和一只开始腐烂的香蕉就够了，14天就可以得到200只果蝇”。科学家用果蝇进行了无数次杂交, 其中包括确定了基因里面的基因连锁群，它们位于同一基因上面, 科学家也因此发现了联会现象。科学家还对某些变异进行了描述和研究。 例如眼睛颜色有红变异为白色, 或者是微型翅膀, 这种果蝇丧失了飞行能力。赫尔曼·穆勒是第一位发现伦琴射线对遗传物质具有诱变作用的遗传学家。从此射线就被大量使用，以诱发果蝇发生变异。
在2000年对其13600 基因测序完成。大部分基因与人类的基因有着惊人的相似。研究还在果蝇的遗传物质里找到了人类的致癌基因或者潜在的，在变异情况下参与癌症发生的致癌基因 (Oncogene，一译癌基因)。
在发育生物学研究方面, 人类也从果蝇身上获得了很多知识。早在1900年哈佛大学的教授威廉·卡斯特就首次将果蝇用作胚胎研究的对象。从此以后, 果蝇就在这一领域被广泛采用。20世纪70年代德国科学家克里斯蒂安娜·女斯莱.佛哈德 (Christiane Nüsslein-Volhard) 开始研究果蝇的发育基因。她从中得知，卵细胞中的四个基因决定了或是监控了受精卵的发育（参见Hox基因)。1980年她发表了论文“影响黑腹果蝇体节数目和极性的变异”，她也因此和美国的 Edward B. Lewis，Eric F. Wieschaus 共享了1995年的诺贝尔生理学或医学奖。
（1）果蝇的性别决定是XY型，X、Y染色体是异型同源染色体，由于体细胞中含有4对同源染色体，因此对果蝇基因组进行研究，应对果蝇的3条常染色体、1条X染色体、1条Y染色体进行测序．
（2）白眼雌果蝇（XrXr）和红眼雄（XRY）果蝇交配，后代出现白眼雌果蝇，从染色体异常分析该白眼雌果蝇的基因型可能是XrXrY，是雌果蝇在减数分裂过程同源染色体不分离，形成了含有2个Xr的卵细胞和不含有X染色体的卵细胞造成的，含有2个Xr的卵细胞与含有Y的正常精子结合形成的受精卵为XrXrY，发育成白眼雌果蝇，不含有X染色体的卵细胞与含有XR的正常精子结合形成的受精卵XRO，发育成红眼雄性．
（3）由题意知，M果蝇的变异来源可能是环境改变引起表现型变化，但基因型未变；亲本果蝇发生基因突变；
亲本雌果蝇在减数分裂时X染色体不分离；实验的目的是验证M果蝇的变异类型，可以用M果蝇与正常白眼雌果蝇杂交，通过观察杂交后代的表型比判断M果蝇的变异类型．
①如果是环境改变引起表现型变化，基因型未变，M果蝇的基因型为XRY，则杂交后的雌果蝇是红眼；
②如亲本果蝇发生基因突变引起表现型变化，果蝇的基因型为XrY，则杂交后的全是白眼；
③亲本雌果蝇在减数分裂时X染色体不分离引起表现型变化，该雄果蝇的基因型为XrO，不育，因此没有后的产生．
故答案为：
（1）5?
（2）雄?如图
（3）M果蝇与正常白眼雌果蝇杂交
①子代雌果蝇是红眼
②子代表现型全部为白眼
③无子代产生
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